De Innectis server is de back-end van de toepassing en staat onder andere in voor de authenticatie van de gebruikers en het bewaren van de formulieren. Daarnaast zorgt de back-end ook voor het afleveren van berichten, het verwittigen van gebruikers en het uitleveren van certificaten.

De manuele interface is een webapplicatie. Gebruikers surfen naar hun eigen omgeving, bv. bedrijfsnaam.innectis.eu, melden zich vervolgens aan en krijgen dan een overzicht van de geboden functionaliteit.

De geautomatiseerde interface is beschikbaar als webservice. Op die manier kunnen transport management systemen een koppeling tot stand brengen met Innectis. Niet alleen de informatie met betrekking tot de ritten, maar ook de inhoud van de vrachtbrief kan op die manier in het systeem opgeladen of geconsulteerd worden. De webservice wordt ook door DocTrails gebruikt voor het ophalen van een digitale vrachtbrief om vervolgens mee te sturen met de elektronische factuur.